Japanska pršljenka vazdazeleno je drvo koje naraste do 30 m u visinu i nekoliko metara u širinu.

Na dugim izbojcima listovi su ljuskasti, zavojito raspoređeni i čvrsto priklonjeni uz izbojak. Na vrhovima dugih izbojaka, u pazušcu ljuskastih listova, nalaze se kratki izbojci koji imaju po 15 do 40 iglica u pršljenu. Iglice su sjedeće, linearne, plosnate, s obje strane uzdužno izbrazdane, tupo urezanog vrha, cijelog ruba, dugački od 8 do 15 cm i široki 4 do 7 mm. Odozgo su tamnozelene, gole, sjajne, a odozdo zelene s dvije bijele pruge puči. Ljuskavi listovi znatno su kraći, dugački su 5 mm, a široki 1 mm i tamnosmeđe boje. Cvjetovi su jednospolni, anemofilni. Muški su elipsoidni do kuglasti, smeđi do žućkastosmeđi, građeni od mnogo prašničkih listova zavojito raspoređenih oko središnje osi. Na vrhovima kratkih izbojaka zajedno dolazi po 20 do 30 cvjetova. Ženski su cvjetovi u elipsoidnim, plavkastim do plavkastosmeđim, uspravnim češerastim cvatovima na vrhovima kratkih izbojaka. Zreli su češeri drvenasti, smeđi, dugački 8 do 12 cm i široki 4 do 6 cm, uspravni i na kratkoj stapci.

Japanska pršljenovka je endemična je vrsta koja raste u planinama srednjeg i južnog Japana.