Japanska kriptomerija jedna je od najvećih četinjača visine preko 100 m i promjera debla do 12 m. Kora je vrlo debela. Krošnja je široko piramidalna. Deblo je ravno, a pri osnovi jako prošireno. Pupoljci su bez ljusaka. Iglice su spiralno raspoređene u 3 reda, prilegle uz grančice, trobridne i na vrhu oštro zašiljene, dužine od 3 do 6 mm. Cvjetovi su jednodomni. Ženski su jajoliki ili duguljasti s većim brojem ljusaka. Muški su na vrhovima kratkih prošlogodišnjih izbojaka, pojedinačni, izduženi ili gotovo kuglasti. Zreli su češeri kuglasti do jajasti, žućkastosmeđi, veličine 2,5 do 4,5 cm. Pokrovne su ljuske kožnate, sjajne, širokojajaste do trokutasto jajaste, na osnovi sužene, postupno suženog, bodljikavog vrha, nepravilno nazubljenog ruba, dugačke oko 17 mm i široke 15 mm te potpuno prekrivaju razmjerno male, trovrhe plodne ljuske.

Japanska kriptomerija rasprostranjena je na području Japana. Kultivar 'Compressa' vrlo je lijepa okruglasta forma.